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通过对不同发情期的山羊卵巢的全基因组分析筛选生殖相关长的非编码RNA

发布时间:2019-01-02 09:36:17  浏览次数:

 

山羊是一种重要的农场动物;繁殖是山羊养殖的重要过程;卵巢是山羊最重要的生殖器官。近年来,越来越多的长非编码RNAlncRNA)与哺乳动物繁殖的调节有关。然而,关于lncRNA在生殖中的功能的研究很少,尤其是卵巢中的lncRNA。山羊卵巢的测序产生了1,122,014,112个过滤后测序序列,并且使用编码电位分析软件CNCICPCPfam-sca鉴定了4926lncRNA1454TUCP(具有不确定编码潜力的转录物)用于进一步分析。在黄体期卵巢和卵泡期之间存在115/22个差异lncRNA / TUCP转录物。基于共表达和共定位方法,预测了lncRNA / TUCP的相关基因。通过共表达方法,总共预测了2584/904个基因,并且通过共定位预测了326/73个基因。用GOKEGG分析进一步分析这些基因的功能。结果显示,在黄体期山羊卵巢中高表达的lncRNAs / TUCPs主要与孕激素的合成有关,我们筛选了可能调节孕激素合成的lncRNAs / TUCPs,如XR_001918177.1TUCP_001362;在卵泡期的山羊卵巢中高表达的 lncRNAs / TUCPs,主要与卵子发生和卵母细胞的成熟有关,我们筛选了可能调节卵母细胞卵子发生和成熟的lncRNAs / TUCPs,如XR_001917388.1TUCP_000849。本研究提供了不同发情期山羊卵巢中lncRNAs / TUCPs的基因组表达谱,并筛选了与山羊繁殖相关的潜在lncRNAs / TUCPs。这些结果有助于进一步研究山羊繁殖的分子机制。该研究成果以Filtered reproductive long non-coding RNAs by genome-wide analyses of goat ovary at different estrus periods为题发表在BMC Genomics上(SCI,二区,IF=3.73),刘勇为论文第一作者,李文雍教授同为通讯作者。

 

黄体期高表达差异lncRNAKEGG富集分析结果

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